Molekulaarne destilleerimineon spetsiaalne vedelik-vedelik eraldustehnoloogia, mis erineb traditsioonilisest destilleerimisest, mis põhineb keemistemperatuuri erinevuse eraldamise põhimõttel. See on kuumustundliku materjali või kõrge keemispunktiga materjali destilleerimise ja puhastamise protsess, kasutades molekulaarse liikumise vaba tee erinevust kõrgvaakumis. Kasutatakse peamiselt keemia-, farmaatsia-, naftakeemia-, vürtsi-, plasti- ja naftatööstuses ning muudes tööstusvaldkondades.
Materjal kantakse toiteanumast destilleerimise põhisärgiga aurustisse. Rootori pöörlemise ja pideva kuumutamise kaudu kraabitakse materjalist vedelik äärmiselt õhukeseks turbulentseks vedelikukileks ja surutakse spiraalikujuliselt allapoole. Laskumise käigus hakkab materjalivedelikus olev kergem materjal (madala keemistemperatuuriga) aurustuma, liigub sisemisse kondensaatorisse ja muutub vedelaks, voolates alla kerge faasi vastuvõtukolbi. Raskemad materjalid (nagu klorofüll, soolad, suhkrud, vahajas jne) ei aurustu, vaid voolavad mööda põhiaurusti siseseina raske faasi vastuvõtukolbi.